Neben Theaterhaus, Kulturarena, Volkshaus, Kurz- und Kleinkunstbühne und natürlich der Philharmonie locken in Jena Kulturinteressierte eine Reihe von Museen. Im Stadtmuseum gibt es neben einem Museum zur Stadtgeschichte auch Wanderausstellungen. Das Schott GlasMuseum bietet Einblicke in die Produktion und Verwendung von Glas sowie über den familiären Hintergrund von Dr. Otto Schott, dem Begründer des Jenaer Glaswerks und Erfinder des feuerfesten Glases. Im Optischen Museum findet man eine Ausstellung zur Geschichte und der Funktionsweise optischer Geräte, wie Brillen oder Mikroskope. Biologische Ausstellungen findet man im Phyletischen Museum und im Botanischen Garten. Literarische Ausstellungen sind im Romantikerhaus und in der Goethe-Gedenkstätte zu finden. Es gibt in der Gemeinde Cospeda eine Gedenkstätte zur Schlacht bei Jena und Auerstädt.
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