Jena wurde erstmals 1182 urkundlich erwähnt. Ausgrabungen in der Nähe der Schillerkirche lassen jedoch auf eine Besiedlung bereits im 8 Jahrhundert schließen. Seit dem 12. Jahrhundert beherrschten die Herren von Lobdeburg Jena. Die Lobdeburger waren es, die um 1230 den Ort zur Stadt erhoben, die bald danach ummauert wurde. 1286 kamen die Dominikaner nach Jena, 1301 die Zisterzienser und 1414 die Karmeliter. 1331 gelangten die Wettiner in den Vollbesitz der Stadt und 1332 erteilten sie Jena das gothaische Stadtrecht. Der Wohlstand dieser Zeit äußerte sich in den Neubauten der Michaeliskirche seit 1380/90 und des Rathauses am Ende des 14. Jahrhunderts.
1548 wurde die so genannte "Hohe Schule" im Dominikanerkloster in Jena gegründet, aus der 1558 die heutige Friedrich-Schiller-Universität hervorging. Für 18 Jahre war (1672-1690) Jena Hauptstadt des selbständigen Fürstentums Sachsen-Jena. Der Rückgag des Weinbaus, der Studentenzahl und des Buchdrucks verursachten im 18. Jahrhundert einen Niedergang der städtischen Wirtschaft, 1788 wurden die Finanzen der Stadt sogar unter Zwangsverwaltung gestellt. Jena verschwand jedoch nicht in der Bedeutungslosigkeit sondern taucht immer wieder in den Geschichtsbüchern auf: Am 14. Oktober 1806 bekämpfte Napoléon siegreich die preußischen und sächsischen Armeen in der Doppel-Schlacht bei Jena und Auerstedt. Dabei wurden u.a. die Universität und weitere öffentliche Gebäude stark in Mittleidenschaft gezogen. Diese Schäden waren freilich nicht im Vergleich zu den Verwüstungen im Zweiten Weltkrieg, als alliierte Flieger besonders im Februar und März 1945 Bomben auf Jena warfen.
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